Le Secrétariat Général de la FIFA est assisté dans son travail quotidien par plus de 25 commissions permanentes et par deux organes juridiques, la Commission de Discipline de la FIFA et la Commission d'Appel de la FIFA.

Les commissions jouent un rôle essentiel car elles prennent des décisions concernant l'organisation des compétitions et le développement du football en général. Les décisions prises par les commissions sont ratifiées par le Comité Exécutif, le conseil d'administration effectif de la FIFA.

L'Exécutif comprend le Président de la FIFA (à la tête du comité), sept vice-présidents, 16 membres et un observateur du Secrétariat Général de la FIFA, qui prend part à toutes les réunions en tant que membre extérieur.