Après l'éclatement de la Yougoslavie, le Monténégro a été reconnu par les Nations Unies le 21 mai 2006 comme Etat indépendant. Ainsi, une fois la fédération monténégrine reconnue par le Congrès de l'UEFA en janvier 2007, puis acceptée par le Congrès de la FIFA en mai 2007 en tant que membre de la FIFA, le football monténégrin s'est présenté comme un nouveau défi aux équipes déjà établies sur la scène internationale et européenne. Le football est le sport le plus populaire du pays. Dejan Savicevic (Milan AC), ancien joueur le plus populaire du Monténégro, est le premier président de la fédération. Predrag Mijatovic (Real Madrid) en est le directeur sportif. Mirko Vuicinic (AC Rome) est le joueur actif le plus connu de l'équipe monténégrine actuelle. Le Monténégro a disputé son premier match international le 24 mars 2007 contre la Hongrie, lequel s'est soldé par une victoire face à la prestigieuse équipe magyare.