Depuis le début de sa carrière, Shkodran Mustafi s'applique à prouver qu'il n'est pas nécessaire de passer par la case Bundesliga pour s'imposer en équipe nationale. Le défenseur n'a encore jamais joué dans l'élite allemande, ce qui ne l'a pas empêché de retenir l'attention du sélectionneur Joachim Löw. Le joueur de 25 ans s'est fait un nom à la Sampdoria, avant de faire ses preuves à Arsenal. Entre ces deux étapes, Mustafi a effectué un passage à Valence.

Fils d'immigrés albanais, il a grandi en Hesse, où il s'est fait remarquer à l'adolescence lors d'un tournoi en salle. Mustafi a finalement choisi de rejoindre le centre de formation du Hambourg SV. Sur les conseils de ses éducateurs, il a abandonné le poste d'attaquant pour se reconvertir en défense centrale. Défenseur solide et efficace dans les duels, il a fréquenté toutes les sélections de jeunes, des U-16 aux U-21. Il s'est imposé comme l'un des artisans du triomphe allemand en finale de l'UEFA EURO U-17 2009. La même année, il a disputé la Coupe du Monde U-17 de la FIFA au Nigeria. Quatre ans plus tard, il faisait partie du groupe retenu pour l'UEFA EURO U-21.

Il a effectué ses débuts en équipe d'Allemagne en mai 2014, à l'occasion d'un match amical contre la Pologne à Hambourg (0:0). Il a ensuite intégré la liste des 30 pré-sélectionnés pour la Coupe du Monde de la FIFA™ au Brésil, mais Löw a décidé dans un premier temps de l'écarter. Suite à la blessure de Marco Reus, Mustafi a cependant rejoint en urgence le Brésil. Au bout du compte, il a totalisé trois apparitions durant la compétition et participé au quatrième sacre mondial de l'Allemagne.