Le Championnat U-16 de l'AFC s'est disputé en Ouzbékistan du 4 au 19 octobre 2008. Les quatre équipes qualifiées sont l'Iran, le Japon, la République de Corée et les Emirats arabes unis.

L'Algérie a accueilli le huitième Championnat d'Afrique U-17 du 19 mars au 3 avril 2009. Les quatre demi-finalistes participeront à la Coupe du Monde U-17 de la FIFA, Nigeria 2009. Le cinquième aurait obtenu son billet si les Golden Eaglets avaient atteint le dernier carré, mais ils ont été éliminés au terme d'un barrage de qualification.

Les quatre qualifiés pour Nigeria 2009 sont l'Algérie, le Burkina Faso, la Gambie et le Malawi.

Le Championnat U-17 de l'UEFA 2008/09 fait office de tournoi de qualification à la Coupe du Monde U-17 de la FIFA 2009. L'Allemagne accueille le dernier tour du 6 au 18 mai 2009. Les six premiers prendront part à l'édition nigériane de l'épreuve reine.

L'Allemagne, l'Espagne, l'Italie, les Pays-Bas, la Suisse et la Turquie sont qualifiés.

Les éliminatoires se sont déroulés au Mexique du 20 au 26 avril 2009 et consistaient en deux tournois de quatre équipes. Les deux premiers de chaque groupe accèdent à la phase finale.

Les Etats-Unis, le Honduras, le Mexique et le Costa Rica représenteront la CONCACAF au Nigeria.

Le championnat U-17 de l'OFC s'est déroulé à Auckland, Nouvelle-Zélande, du 20 au 24 avril 2009.
La Nouvelle-Zélande s'est imposée devant Tahiti, la Nouvelle-Calédonie et Vanuatu et représentera l'Océanie lors de la Coupe du Monde U-17 de la FIFA 2009.

Le tournoi s'est tenu au Chili, à Iquique, du 17 avril au 8 mai 2009. L'Argentine, le Brésil, vainqueurs des deux groupes, ainsi que l'Uruguay et la Colombie, premier et deuxième de la seconde phase, sont les quatre nations qualifiées pour la Coupe du Monde U-17 de la FIFA, Nigeria 2009.

Le Brésil a décroché le titre de champion d'Amérique du Sud en battant l'Argentine en finale (2:2, 6:5 t.a.b.).

En tant que pays organisateur, le Nigeria est qualifié d'office.