Roman Shishkin, qui est né et a grandi à Voronezh, était pratiquement prédestiné à devenir footballeur. Son père a longtemps fait partie des dirigeants du Fakel Voronzeh, le club local, et il n'a jamais fait mystère de son ambition de voir son fils intégrer le centre de formation. "Aussi loin que je me souvienne, je passais mon temps à jouer au ballon à la maison", raconte le défenseur. "Il faut dire qu'il y avait beaucoup de ballons chez nous !"

À 15 ans, Shishkin reçoit une invitation pour passer un essai au Spartak Moscou. Celui-ci se révèle concluant. Deux ans plus tard, il fait ses débuts avec le club de la capitale. Deux autres années passent lorsqu'il découvre la Ligue des champions de l’UEFA pour la première fois. Il honore sa première sélection en mars 2007. Depuis, il gravite régulièrement autour du groupe. Il connaîtra seulement un exil de trois ans, durant le passage de Fabio Capello, en dépit de ses performances remarquées au Lokomotiv Moscou.

Shishkin se distingue par son sens du placement et sa qualité de passe. Depuis son poste de latéral droit, il distille des centres dangereux, à l'origine de nombreux buts. Lors de récents matches amicaux, Stanislav Cherchesov a procédé à plusieurs essais sur le côté droit de la défense mais, de par sa polyvalence, Shishkin, qui peut aussi bien jouer arrière latéral que milieu défensif, reste un membre incontournable du groupe.