Le défenseur central de 33 ans a commencé sur le tard en équipe nationale. C’est à 30 ans qu’il obtient sa première cape. À partir de 11 ans, il fait ses classes d’âge au Sporting Portugal, mais il n’y dépassera jamais le stade de l’équipe réserve. En 2005, il effectue ses débuts en première division, à 22 ans, avec le Vitoria Setubal. Il signe ensuite un contrat au Benfica, qui l’envoie en prêt dans plusieurs clubs, dont Crystal Palace en deuxième division anglaise en 2007. La formation londonienne lui offre un contrat en 2008. Il passe ensuite sept saisons (de 2010 à 2017) à Southampton. Le club monte de troisième division en Premier League, au sein de laquelle José Fonte dispute sa première rencontre en 2012. Il finit même par porter le brassard de capitaine. En janvier 2017, il est transféré à West Ham.

Fonte a joué avec l’équipe nationale U-21 du Portugal, mais il doit attendre novembre 2014 pour défendre les couleurs de l’équipe nationale face à l'Argentine en match amical. Sélectionné pour la phase finale, il dispute quatre matches, dont la finale en tant que titulaire. "Nous voulons gagner la Coupe des Confédérations, mais notre principal objectif reste la Coupe du Monde l’an prochain. Ce serait encore plus grand qu’à l’Euro. Mais ne brûlons pas les étapes, nous voulons d’abord remporter la Coupe des Confédérations", confie Fonte, dont le frère Rui est également de la partie en Russie.