La chambre d’instruction enquête sur de possibles violations du Code d’éthique de la FIFA. La chambre d’instruction a toute latitude pour ouvrir à tout moment des enquêtes préliminaires de son propre chef tout comme sur la base de plaintes déposées, contre lesquelles aucune opposition ne peut être exercée. Si l’enquête préliminaire apporte la preuve d’une présomption d’infraction, le président de la chambre d’instruction ouvre une procédure d’enquête et le notifie aux parties. Le président de la chambre d’instruction dirige la procédure d’instruction lui-même en tant que chargé d’instruction ou délègue la direction de l’instruction à son vice-président ou encore à un membre de la chambre d’instruction. Le chargé d’instruction informe les parties de la possible violation des règles éthiques. Le chargé d’instruction résume les résultats de l’enquête dans un rapport final en prenant en considération les circonstances aggravantes et atténuantes, et, après avoir informé les parties des conclusions de l’enquête, il soumet son rapport final et le dossier d’instruction à la chambre de jugement ainsi qu’une recommandation au niveau des mesures à prendre.

Si une infraction du Code d’éthique de la FIFA semble avoir été commise et s’il ne peut pas être garanti qu’une décision sur le principal chef d’accusation puisse être prise suffisamment rapidement ou s’il est nécessaire d’empêcher toute interférence à l’établissement de la vérité, alors le président de la chambre d’instruction ou le chargé d’instruction peut demander à la chambre de jugement d’imposer des mesures provisoires aux parties. Ces mesures provisoires ne peuvent être imposées que pour quatre-vingt-dix jours. Dans des circonstances exceptionnelles, elles peuvent être prolongées de quarante-cinq jours.

En mai 2017, Maria Claudia Rojas (Colombie) a pris la succession de Michael J. Garcia et Cornel Borbély à la présidence de la chambre d'investigation. 

La composition de la Commission d'Éthique Indépendante